秦日纲攻破江北大营，本意只在铲除江北大营清军对瓜洲的围困，获取扬州的粮食，以救瓜镇守军燃眉之急。
江北大营溃败后，秦日纲并未派兵追击，也没想过长期占领扬州城。这导致了两个严重的后果。
一是江北大营虽然溃败，但主力仍在。江北大营主帅托明阿在扬州北郊重新建立防线，收集溃兵，仍对扬州、天京虎视眈眈。
二是未能有效经营扬州。江南大营方面，向荣很快便派出援兵，对扬州造成极大压力，准备再克扬州。
同时，趁着秦日纲主力北渡，江南大营乘机攻克了长江南岸的仓头、桥头、炭渚、石埠桥、黄泥洲等据点，天京至镇江的交通线再次被清军切断。
秦日纲无奈，只好改走江北陆路回天京。
杨秀清一面从天京派出援军，准备从浦口、六合接应秦日纲。一面令秦日纲打通扬州西路，经仪征、六合、浦口返回天京。
4月17日，太平军集中于扬州西北旧城做礼拜，遭清军突袭，太平军大败，只得放弃扬州。
秦日纲派李秀成前出六合，但李秀成不敌清军，只能盘踞在仪征，不能西进。
秦日纲大队兵马出扬州后一路向西，与江北清军连战多日，却难敌清军。
天京方面派出了援军，却在六合被江南大营张国梁部所败，被迫撤回天京。
秦日纲无奈，只好再次东返瓜洲，准备从瓜洲渡江，再战江南大营。
5月，太平军石达开部进抵皖南，逼近天京。
火军陈城部亦抵达芜湖，芜湖东侧的清军不战而退。
江南大营统帅向荣无奈，只好调兵遣将，分兵抵御石达开和陈城，原本用于堵截秦日纲的清军兵力便不够了。
江南大营原有五万兵力，此时分布在皖南至镇江沿线，兵力捉襟见肘。
秦日纲见状，便趁着江南大营空虚，于5月27日自瓜洲南渡金山。29日，秦日纲突破清军韩家坝、五洲山、烟墩山防线。秦日纲与镇江守军吴如孝沟通声势，一时兵力达到数万。
清军这边由江苏巡抚吉尔杭阿负责指挥，兵力分散驻守在京岘山、九华山、高资三处。吉尔杭阿是旗人中的猛将，曾指挥部属攻破魔都小刀会起义军，是火军骑兵师长周秀英的杀父仇人。
吉尔杭阿认为太平军人多势众，锋芒正锐，主张“攻坚不如断粮”，饬令候补道江宁知府刘存厚在高资烟墩山扎营，试图固守高资。
高资是太平军运粮要地，假如失去高资，天京将失去粮草供应。因此，秦日纲必须拼死夺回高资。
秦日纲见状，只得集结大军争夺高资。奈何清军依托烟墩山固垒紧守，秦日纲难以突破。
正在秦日纲为攻不下烟墩山清营而苦恼时，一队骑兵自西边奔驰而来。这骑兵人人汗流浃背，尘土垢面，显然是从很远的地方远道而来。
众骑兵簇拥着一员骑兵小帅，只见他抹去污水，露出一个被太阳晒得黝黑的女人脸庞。这小帅不是别人，正是火军骑兵师师长周秀英。
原本，杨秀清令陈城的火军尾随石达开的太平军东进，火军理应落在太平军后面。
现在，石达开还没到天京，周秀英怎么就到了镇江呢？
这也是事出有因，周秀英与吉尔杭阿有杀父之仇。她急于东下，寻找吉尔杭阿报仇。
那时，陈城正在从饶州赶往湖口，准备从湖口乘坐“雏鹰号”顺流而下。周秀英连夜追上陈城，请陈城允许她率领轻骑，抢先前往镇江。
陈城本不答应。因为周秀英是骑兵师师长，在骑兵师很有威望。这些骑兵多出身于天地会，一向彪悍难训。陈城怕师复兴委员陆晨光镇不住底下的骑兵。
但周秀英言词恳切，跪在地上不肯起来，求陈城允许她去镇江报仇，又说只要五百轻骑。
陈城转念一想，让周秀英提前去战场，也许可以抢得先机，抢先占领城池。
杨秀清刻意安排火军跟在太平军后面，本就是怕火军到江南后抢占地盘，抢夺太平军的功劳。
陈城若想打破杨秀清的如意算盘，就有必要抢在石达开之前到达战场。
于是，他让周秀英以侦察敌情的名义，昼夜急行军到江南，又允她多带五百人马。
周秀英便挑选了一千轻骑，把剩下的三千骑兵交给师复兴委员陆晨光，自己领着人星夜奔往镇江。
太平军看到来人正是大名鼎鼎的火军骑兵师师长周秀英，顿时士气大振。秦日从围攻烟墩山清营的太平军中抽出精兵，分为三队，每天三班倒，无时无刻不在猛攻烟墩山，试图逼迫烟墩山的清军退出高资。
清军守将刘存厚难以抵挡，弹尽援绝，试图从高资撤退。但吉尔杭阿非常悍勇，不允许刘存厚撤军。他的老营扎在烟墩山东侧六十里的九华山，亲自率兵五千救援刘存厚。
此九华山为镇江城内的小九华山，非安徽池州的佛教圣地-大九华山。
然而，秦日纲早就得到了情报，埋伏重兵在烟墩山东侧的官道上。
吉尔杭阿气势汹汹地带兵来援，远远都能望到烟墩山了。突然一声炮响，埋伏在官道旁的数万太平军从四面八方滚滚而来，将吉尔杭阿的五千兵马团团围住。
吉尔杭阿拼死抵抗，奈何太平军人多势众，清军渐渐不支。
秦日纲又令太平军在四面扎起营垒，摆出要全歼清军的架势，指挥炮队日夜轰击包围圈内的清军。
6月1日，吉尔杭阿挑选全军精锐，组成了六十人的马队，乘着黑夜从东北方突围而走。
但是，太平军也不是吃素的，不依不饶派出精骑追击。次日拂晓，太平军的骑兵追上吉尔杭阿，将吉尔杭阿所部骑兵全部射杀。
那追兵正是周秀英的亲兵，全部配发有新式火枪，故能不吝子弹，隔着数百步远射杀清兵。
周秀英令人割下吉尔杭阿的首级，面向魔都方向焚香祭拜死去的父亲。
大仇已报，周秀英心情爽快，派人将吉尔杭阿的首级送给秦日纲，让他传首清军军营，迫使清军投降。
吉尔杭阿战死的消息不胫而走。
6月2日晚，清军九华山大营遍传吉尔杭阿兵败自杀的消息，清兵不战自溃。次日凌晨，九华山清军溃逃者十之五六，总兵虎嵩林逃亡丹阳。
6月3日上午，太平军进抵山麓，九华山大营逃亡一空，太平军将九华山清军营垒70余座踏平焚毁。
天京方面，江南大营仍在东、南、北三个方面紧扼天京喉咙，实乃天国心腹大患。杨秀清令秦日纲回师天京，和即将抵达天京的石达开合作，共击江南大营。
6月13日，秦日纲主力主动放弃小茅山、九华山、烟墩山、黄泥洲等营垒，经高资、下蜀、东阳、石埠桥退至天京外围观音门。
火军周秀英部却没有撤退，而是继续东进，占据九华山东北方向的京岘山，在此扎营固垒，成为火军安插在清军和太平军中间的一颗楔子。
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