再没有比朱纨更合适的人选了，嘉靖皇帝御笔朱批：“今特命尔前去巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉等处海道提督军务，在杭州省城住札”，以“调度官员，实时剿捕防御”。朱纨临危受命，他将以自己全部的智谋与力量来报答嘉靖皇帝对他的知遇之恩。
初到闽浙，朱纨很快就现，所谓的“倭寇”其实并非明朝初年那样的日本海盗。除极少数被雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的中国人。因为承平日久，生齿日繁，闽浙沿海的人口压力十分显著。而宋元以来数百年的海上贸易已经成为东南沿海居民最重要的求生之路。即使在严禁海外贸易的明朝，这种生活方式也没有改变。只要海禁稍有松懈，走私贸易就会蓬勃展，以至于闽浙沿海几乎家家户户都涉足走私贸易，从而也或直接或间接的与“倭寇”有关。
但对于走私贸易的历史和原因，朱纨没有丝毫兴趣。他只关心如何才能彻底铲除“倭寇”。在他看来，当地百姓与“倭寇”的密切联系正是“倭寇”屡禁不绝的根本原因。他在《甓余杂集》中点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分”。
确如其言，以林希元为代表的闽浙官绅确实与走私集团有着千丝万缕的关系。但他们并不是朱纨所说的“武断乡曲，把持官府”的土豪劣绅。据《明史》记载，比朱纨年长十一岁的林希元，早其四年考中进士，曾经官至南京大理寺正卿。嘉靖二十年(1542年)被黜归籍，回乡精研理学。虽然仕途坎坷，但其著述宏富，被誉为明朝“理学名臣”。
与朱纨只管埋头做官不同，林希元十分关注国计民生。他自幼生长在福建海滨，对家乡百姓泛海求生的艰辛深有体会，因而对求食海上的走私贸易有着深切的理解与同情。在他看来，保护和资助当地百姓下海通番，甚至从中获利虽不合于天朝法度，但绝不是什么伤天害理的事情。
但在朱纨眼里，凡是违背朝廷法度的事情都是作奸犯科，必须加以革除。既然朝廷明令禁止沿海百姓私自泛海通番，就必须彻底禁绝。而这项政策是否合理，执行之后会不会断了数百万百姓的生计，则不在其考虑之中。
于是，坚决执行海禁政策的朱纨与主张通海的林希元及闽浙百姓形成了尖锐的矛盾。朱纨很清楚，如果没有嘉靖皇帝的鼎力支持，自己的任何行动都不免于失败。于是，他特地向朝廷申请，赋予他“从宜处之”的特权。得到了嘉靖皇帝的有力支持，朱纨开始了雷厉风行的治倭行动。
双屿，位于浙江之外海，悬居海洋之中，“去城(舟山)东南百里，南洋之表，为倭夷贡寇必由之路”，扼南北航线和中日航线之要冲，“乃海洋天险”。明初，双屿被列为“国家驱遣弃地”，岛民全部内迁，无人居住，遂成为走私贸易船泊聚的理想场所。每当海禁严厉时，浙江本地的走私商人往往引诱外国商船到此贸易，而那些原来在广州贸易的外商，因“欲避抽税，省6运”，亦纷纷由他们导引改泊双屿，每岁夏季而来，望冬而去。
双屿最初不过是中外私商的一个季节性贸易场所。直到嘉靖十七年(1538年)，大海商金子老据此为营，招来李光头、许栋、汪直等人共同营建，相继引来日本私商和葡萄牙商人，这里才逐步展成为东亚海域最大的海上贸易中心，同时也是中外私商和海寇最大的据点。
1511年，葡萄牙人攻占马六甲，从此闯入了东亚海域。他们占据双屿之初，主要从事在中国沿海的走私贸易。1542年左右，葡萄牙人“现”了日本，又开辟了对日直接贸易。然而，在台风季节，他们笨拙的帆船在中国海航行的危险迫使他们致力于获得一个处于满剌加与长崎之间的庇护港口。此外，还需要一个安全的基地，以获得充足的中国生丝的供应。而双屿正是这样的一个安全基地。
当时葡萄牙人在双屿的贸易活动主要是从事日本、闽浙和满剌加之间的三角贸易。他们与中日私商合伙，从满剌加等地贩来胡椒、香料等东南亚商品，在双屿与当地商人交换丝绸、棉布，然后运往日本出售，换回白银，再用以购买下一趟航行的船货。在葡萄牙人和中国私商的苦心经营下，双屿港的国际贸易蒸蒸日上，盛极一时。
然而，卧榻之侧岂容他人鼾睡。明朝始终坚守的朝贡贸易体系，已经受到了走私贸易的强烈冲击。如果任由其展，不仅将导致明王朝丧失东亚海上贸易的主导权，而且势必导致明王朝苦心经营的整个朝贡贸易体制解体，而这更是明王朝统治者所不能容忍的。攻占双屿自然也成了嘉靖皇帝与朱纨平定倭乱的关键战役。
1547年，朱纨派遣副使柯乔、都指挥黎秀等分驻漳、泉、福宁诸地，阻遏双屿港湾的私商船只。次年四月，奉命进剿双屿的福建都司都指挥卢镗率福清兵追击一艘倭寇大船，杀死2人，生擒日本倭夷稽天新四郎，以及中国走私贩林烂四等53人。
初战告捷，朱纨又命卢镗统各路兵直捣双屿，葡萄牙人和中日私商则坚壁不出，形成围困局面。1548年4月，双屿商船乘着风雨昏黑突围出港。明军一面占领双屿，一面分兵追击。此役共“俘斩溺死者数百人，贼酋许六、姚大总与大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等皆就擒。镗入港，毁贼所建天妃宫及营房、战舰，贼巢自此荡平”(《筹海重编》卷五《浙江倭变纪》)。鉴于双屿孤悬于大洋之中，难以戍守，而明军主力“福兵俱不愿留”，朱纨便下令以木石筑塞通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，从此葡萄牙人和中外私商苦心经营多年的国际贸易大港遂成废墟。
明军攻占双屿，葡萄牙人和中外私商失去巢穴，余党部分逃往福建之浯屿。而大部分仍留滞浙江沿海，“分泊南麂、礁门、青山、下八诸岛”，或出没于福建北部海域，继续与明军周旋。朱纨指挥明军继续扫荡残敌，经过大小数十战，到同年12月，才将葡萄牙人和中私商海盗船赶出浙江海域。朱纨上奏朝廷：“台温海岛巢穴俱已荡平，凡可栖隐去处遍哨，无警收兵。”他也因此受到了嘉靖皇帝的赞许。
双屿战后，葡萄牙人移师福建沿海，与当地的葡萄牙人和中外私商汇合，占据厦门附近的浯屿筑成新巢。而明军在朱纨指挥下乘胜追击，包围了浯屿。
1549年初，恃险困守了3个月的葡萄牙人及其同伙不得不放弃浯屿，于正月二十五日“6续开洋”。部分葡萄牙商人为讨回商欠重返福建沿海，结果在走马溪附近的灵宫澳下湾中了明军的埋伏。此役明军共歼敌239人，生擒葡萄牙人16名，中国海盗领李光头及属下12o人，朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争已经取得胜利。
在嘉靖倭患中，汪直集团曾一度协助明朝政府剿灭四处劫掠的海盗，希望籍此换取明朝准许自由贸易的要求。结果，明朝政府一直利用他，许诺开放海禁的事始终不践行，象无赖一样失信于民，国家信用尽丧。
与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。
江南“倭患”事态的展并不像朱纨想象的那么顺利。
漳州百姓几乎家家都参与走私活动，走马溪一战立即引了他们的恐慌心理。每天都有数以万计的漳州人前来围观被俘的走私贩。百姓听到官军的捷报，不仅无人奔走庆贺，反而指责官军攻击民船，擅自杀人。朱纨在军事上的胜利并不能根本阻遏漳州百姓泛海通番的旧习，于是，再度利用嘉靖皇帝授予其“从宜处之”的特权，未等审问明细即下令将贼李光头等96人斩示众。
然而，朱纨的斩杀俘虏、草菅人命的行为非但没有震慑漳州百姓，反而引起朝野一片哗然。英国汉学家博克舍在《十六世纪中国南部行记》中写道：“百姓们都谴责他们滥杀和酷刑，因为在中国如无皇帝批准而杀人，是一件不寻常的事”。朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员也极为不满。
兵部侍郎詹荣、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万建等人相继上奏弹劾朱纨，罪名就是“擅杀”。对于众人的指责，朱纨上章辩解：“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔。漳州反狱入海，宁波教夷作乱，俱有明鉴。兵机所系，间不容，先人夺人，事当早计，一面差官赍捧钦给旗牌驰赴军前行事，一面具本于本年三月十八日题请。”
事实上，朱纨的辩解根本经不起推敲。从时间上看，走马溪之战生在正月二十日，而朱纨直至杀了李光头等96人之后，才在三月十八日向朝廷六报闽海捷音，说“生擒佛诬蔑郎机国王三名”等，其中必有不可告人之隐情。
事实果真如此。葡萄牙人克路士记录了一段惊人的秘密：走马溪之战后，卢镗“拼命劝诱4名看来比中国人神气的葡萄牙人承认他们是马六甲王。他终于劝服了他们，因为他答应待他们比中国人好，同时又以利诱。他在夺获的衣物中找到一件袍和一顶帽，就问一些和葡人同时被俘的中国人那是什么服饰，他们让他相信那是马六甲王的衣物，所以他马上命令照样再做三件袍和三顶帽，这样他把他们四个人都打扮成一个模样，使他的欺诈变真，使他的胜利更加辉煌。”不仅如此，卢镗还企图私吞船上的货物。“为了更安全做到这一点，不被人一眼识破骗局，他对那些和葡人同时被俘的中国人施行大处决，杀掉其中一些，还决定要杀余下的”，“他奉命动向去见海道(实际上是朱纨)；他命令准备四乘轿子给那四个叫做叛王的人坐，体面地送他们去。其余葡人则坐囚笼，头露出，脖子用木板夹紧，使他们不能把头缩进去，受伤的人亦如此，沿途暴露在阳光和露天里”。朱纨现了卢镗的阴谋后，非但没有将其问罪，反而与之共同编织谎言。“他们一致同意，为保守秘密，卢镗应继续干他开始干的事，也就是杀掉在那里被俘的所有中国人。他们即刻命令执行，因此共杀了九十多名中国人，其中有几名小孩。他们仍留下三、四名青年和一个男人，通过这些人，他们可以向皇帝证明他们所冀图的，那就是指葡人为盗，隐瞒了他们夺取的货物，也通过他们证实那四人是马六甲王。”
嘉靖皇帝指派杜汝桢、陈宗夔详细勘查后得知：所谓葡萄牙人其实是满剌加国(即马六甲)商人，每年私招沿海无赖之徒，往来海中贩卖外国货物，未尝有僭号流劫之事。克路士报道的主要情节与杜汝桢的报告基本一致，朱纨擅杀之罪证据确凿，闽浙官僚们对朱纨的弹劾也的确不是罗织罪名。
要求朱纨停职检查的消息传到杭州，朱纨义愤填膺地坑诉道：“倭夷易除，家贼难防！我为人既刚且直，决不与奸佞对簿公堂！我是死定了！即使皇上不要我死，福建、浙江参与海上走私的人也必将至我于死地。横竖是死，我宁可自己了断，也不愿死在他人手里。”临死前，朱纨给自己写好了墓志，还作了一绝命词，然后服毒自尽。
根据杜汝桢的报告，嘉靖皇帝对朱纨案裁定如下：朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以犯论处，其他官员如通判翁灿；拒捕顽抗的葡萄牙人方叔摆等4人当处死，其余佛南波二者等51名当安置；现存通番奸徒当如律配遣。
朱纨平寇以后，闽浙沿海的百姓并没有过上安宁富足的好日子。恰恰相反，因为走私贸易不畅，他们的生计反而更加困难。《明史》记载：“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也。”而朱纨捣毁双屿港后，舟山的走私海商分裂成主张通商的互市派与铤而走险的寇掠派。互市派的汪直集团稍后逃至日本平户后，四年不再回国；而寇掠派的林碧川、萧显、徐海等集团则据舟山群岛为寇据地，四出流劫，终于蔓延成一场旷日持久的嘉靖倭患。
在嘉靖倭患中，汪直海商集团一直争取说服明朝政府开放海禁，与东洋、西洋诸国互市，准许自由贸易。但明朝政府假意答应汪直要求，笑里藏刀，用尽阴谋诡计，把汪直玩弄于股掌之间。与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。明朝政府对自己人穷凶极恶，对外夷宽宏大量。这种“宁与外夷，不与家奴”的窝里斗作风一直延续下来，至今犹有余波。
1567年，坚守海禁制度的嘉靖皇帝寿终正寝。新即位的隆庆皇帝立即批准漳州月港开放海禁，准许中国商民出海贸易。铁幕低垂的大明海疆终于从内部撕开了一道小小的裂缝，依稀透进来一线黎明的曙光。
初到闽浙，朱纨很快就现，所谓的“倭寇”其实并非明朝初年那样的日本海盗。除极少数被雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的中国人。因为承平日久，生齿日繁，闽浙沿海的人口压力十分显著。而宋元以来数百年的海上贸易已经成为东南沿海居民最重要的求生之路。即使在严禁海外贸易的明朝，这种生活方式也没有改变。只要海禁稍有松懈，走私贸易就会蓬勃展，以至于闽浙沿海几乎家家户户都涉足走私贸易，从而也或直接或间接的与“倭寇”有关。
但对于走私贸易的历史和原因，朱纨没有丝毫兴趣。他只关心如何才能彻底铲除“倭寇”。在他看来，当地百姓与“倭寇”的密切联系正是“倭寇”屡禁不绝的根本原因。他在《甓余杂集》中点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分”。
确如其言，以林希元为代表的闽浙官绅确实与走私集团有着千丝万缕的关系。但他们并不是朱纨所说的“武断乡曲，把持官府”的土豪劣绅。据《明史》记载，比朱纨年长十一岁的林希元，早其四年考中进士，曾经官至南京大理寺正卿。嘉靖二十年(1542年)被黜归籍，回乡精研理学。虽然仕途坎坷，但其著述宏富，被誉为明朝“理学名臣”。
与朱纨只管埋头做官不同，林希元十分关注国计民生。他自幼生长在福建海滨，对家乡百姓泛海求生的艰辛深有体会，因而对求食海上的走私贸易有着深切的理解与同情。在他看来，保护和资助当地百姓下海通番，甚至从中获利虽不合于天朝法度，但绝不是什么伤天害理的事情。
但在朱纨眼里，凡是违背朝廷法度的事情都是作奸犯科，必须加以革除。既然朝廷明令禁止沿海百姓私自泛海通番，就必须彻底禁绝。而这项政策是否合理，执行之后会不会断了数百万百姓的生计，则不在其考虑之中。
于是，坚决执行海禁政策的朱纨与主张通海的林希元及闽浙百姓形成了尖锐的矛盾。朱纨很清楚，如果没有嘉靖皇帝的鼎力支持，自己的任何行动都不免于失败。于是，他特地向朝廷申请，赋予他“从宜处之”的特权。得到了嘉靖皇帝的有力支持，朱纨开始了雷厉风行的治倭行动。
双屿，位于浙江之外海，悬居海洋之中，“去城(舟山)东南百里，南洋之表，为倭夷贡寇必由之路”，扼南北航线和中日航线之要冲，“乃海洋天险”。明初，双屿被列为“国家驱遣弃地”，岛民全部内迁，无人居住，遂成为走私贸易船泊聚的理想场所。每当海禁严厉时，浙江本地的走私商人往往引诱外国商船到此贸易，而那些原来在广州贸易的外商，因“欲避抽税，省6运”，亦纷纷由他们导引改泊双屿，每岁夏季而来，望冬而去。
双屿最初不过是中外私商的一个季节性贸易场所。直到嘉靖十七年(1538年)，大海商金子老据此为营，招来李光头、许栋、汪直等人共同营建，相继引来日本私商和葡萄牙商人，这里才逐步展成为东亚海域最大的海上贸易中心，同时也是中外私商和海寇最大的据点。
1511年，葡萄牙人攻占马六甲，从此闯入了东亚海域。他们占据双屿之初，主要从事在中国沿海的走私贸易。1542年左右，葡萄牙人“现”了日本，又开辟了对日直接贸易。然而，在台风季节，他们笨拙的帆船在中国海航行的危险迫使他们致力于获得一个处于满剌加与长崎之间的庇护港口。此外，还需要一个安全的基地，以获得充足的中国生丝的供应。而双屿正是这样的一个安全基地。
当时葡萄牙人在双屿的贸易活动主要是从事日本、闽浙和满剌加之间的三角贸易。他们与中日私商合伙，从满剌加等地贩来胡椒、香料等东南亚商品，在双屿与当地商人交换丝绸、棉布，然后运往日本出售，换回白银，再用以购买下一趟航行的船货。在葡萄牙人和中国私商的苦心经营下，双屿港的国际贸易蒸蒸日上，盛极一时。
然而，卧榻之侧岂容他人鼾睡。明朝始终坚守的朝贡贸易体系，已经受到了走私贸易的强烈冲击。如果任由其展，不仅将导致明王朝丧失东亚海上贸易的主导权，而且势必导致明王朝苦心经营的整个朝贡贸易体制解体，而这更是明王朝统治者所不能容忍的。攻占双屿自然也成了嘉靖皇帝与朱纨平定倭乱的关键战役。
1547年，朱纨派遣副使柯乔、都指挥黎秀等分驻漳、泉、福宁诸地，阻遏双屿港湾的私商船只。次年四月，奉命进剿双屿的福建都司都指挥卢镗率福清兵追击一艘倭寇大船，杀死2人，生擒日本倭夷稽天新四郎，以及中国走私贩林烂四等53人。
初战告捷，朱纨又命卢镗统各路兵直捣双屿，葡萄牙人和中日私商则坚壁不出，形成围困局面。1548年4月，双屿商船乘着风雨昏黑突围出港。明军一面占领双屿，一面分兵追击。此役共“俘斩溺死者数百人，贼酋许六、姚大总与大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等皆就擒。镗入港，毁贼所建天妃宫及营房、战舰，贼巢自此荡平”(《筹海重编》卷五《浙江倭变纪》)。鉴于双屿孤悬于大洋之中，难以戍守，而明军主力“福兵俱不愿留”，朱纨便下令以木石筑塞通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，从此葡萄牙人和中外私商苦心经营多年的国际贸易大港遂成废墟。
明军攻占双屿，葡萄牙人和中外私商失去巢穴，余党部分逃往福建之浯屿。而大部分仍留滞浙江沿海，“分泊南麂、礁门、青山、下八诸岛”，或出没于福建北部海域，继续与明军周旋。朱纨指挥明军继续扫荡残敌，经过大小数十战，到同年12月，才将葡萄牙人和中私商海盗船赶出浙江海域。朱纨上奏朝廷：“台温海岛巢穴俱已荡平，凡可栖隐去处遍哨，无警收兵。”他也因此受到了嘉靖皇帝的赞许。
双屿战后，葡萄牙人移师福建沿海，与当地的葡萄牙人和中外私商汇合，占据厦门附近的浯屿筑成新巢。而明军在朱纨指挥下乘胜追击，包围了浯屿。
1549年初，恃险困守了3个月的葡萄牙人及其同伙不得不放弃浯屿，于正月二十五日“6续开洋”。部分葡萄牙商人为讨回商欠重返福建沿海，结果在走马溪附近的灵宫澳下湾中了明军的埋伏。此役明军共歼敌239人，生擒葡萄牙人16名，中国海盗领李光头及属下12o人，朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争已经取得胜利。
在嘉靖倭患中，汪直集团曾一度协助明朝政府剿灭四处劫掠的海盗，希望籍此换取明朝准许自由贸易的要求。结果，明朝政府一直利用他，许诺开放海禁的事始终不践行，象无赖一样失信于民，国家信用尽丧。
与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。
江南“倭患”事态的展并不像朱纨想象的那么顺利。
漳州百姓几乎家家都参与走私活动，走马溪一战立即引了他们的恐慌心理。每天都有数以万计的漳州人前来围观被俘的走私贩。百姓听到官军的捷报，不仅无人奔走庆贺，反而指责官军攻击民船，擅自杀人。朱纨在军事上的胜利并不能根本阻遏漳州百姓泛海通番的旧习，于是，再度利用嘉靖皇帝授予其“从宜处之”的特权，未等审问明细即下令将贼李光头等96人斩示众。
然而，朱纨的斩杀俘虏、草菅人命的行为非但没有震慑漳州百姓，反而引起朝野一片哗然。英国汉学家博克舍在《十六世纪中国南部行记》中写道：“百姓们都谴责他们滥杀和酷刑，因为在中国如无皇帝批准而杀人，是一件不寻常的事”。朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员也极为不满。
兵部侍郎詹荣、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万建等人相继上奏弹劾朱纨，罪名就是“擅杀”。对于众人的指责，朱纨上章辩解：“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔。漳州反狱入海，宁波教夷作乱，俱有明鉴。兵机所系，间不容，先人夺人，事当早计，一面差官赍捧钦给旗牌驰赴军前行事，一面具本于本年三月十八日题请。”
事实上，朱纨的辩解根本经不起推敲。从时间上看，走马溪之战生在正月二十日，而朱纨直至杀了李光头等96人之后，才在三月十八日向朝廷六报闽海捷音，说“生擒佛诬蔑郎机国王三名”等，其中必有不可告人之隐情。
事实果真如此。葡萄牙人克路士记录了一段惊人的秘密：走马溪之战后，卢镗“拼命劝诱4名看来比中国人神气的葡萄牙人承认他们是马六甲王。他终于劝服了他们，因为他答应待他们比中国人好，同时又以利诱。他在夺获的衣物中找到一件袍和一顶帽，就问一些和葡人同时被俘的中国人那是什么服饰，他们让他相信那是马六甲王的衣物，所以他马上命令照样再做三件袍和三顶帽，这样他把他们四个人都打扮成一个模样，使他的欺诈变真，使他的胜利更加辉煌。”不仅如此，卢镗还企图私吞船上的货物。“为了更安全做到这一点，不被人一眼识破骗局，他对那些和葡人同时被俘的中国人施行大处决，杀掉其中一些，还决定要杀余下的”，“他奉命动向去见海道(实际上是朱纨)；他命令准备四乘轿子给那四个叫做叛王的人坐，体面地送他们去。其余葡人则坐囚笼，头露出，脖子用木板夹紧，使他们不能把头缩进去，受伤的人亦如此，沿途暴露在阳光和露天里”。朱纨现了卢镗的阴谋后，非但没有将其问罪，反而与之共同编织谎言。“他们一致同意，为保守秘密，卢镗应继续干他开始干的事，也就是杀掉在那里被俘的所有中国人。他们即刻命令执行，因此共杀了九十多名中国人，其中有几名小孩。他们仍留下三、四名青年和一个男人，通过这些人，他们可以向皇帝证明他们所冀图的，那就是指葡人为盗，隐瞒了他们夺取的货物，也通过他们证实那四人是马六甲王。”
嘉靖皇帝指派杜汝桢、陈宗夔详细勘查后得知：所谓葡萄牙人其实是满剌加国(即马六甲)商人，每年私招沿海无赖之徒，往来海中贩卖外国货物，未尝有僭号流劫之事。克路士报道的主要情节与杜汝桢的报告基本一致，朱纨擅杀之罪证据确凿，闽浙官僚们对朱纨的弹劾也的确不是罗织罪名。
要求朱纨停职检查的消息传到杭州，朱纨义愤填膺地坑诉道：“倭夷易除，家贼难防！我为人既刚且直，决不与奸佞对簿公堂！我是死定了！即使皇上不要我死，福建、浙江参与海上走私的人也必将至我于死地。横竖是死，我宁可自己了断，也不愿死在他人手里。”临死前，朱纨给自己写好了墓志，还作了一绝命词，然后服毒自尽。
根据杜汝桢的报告，嘉靖皇帝对朱纨案裁定如下：朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以犯论处，其他官员如通判翁灿；拒捕顽抗的葡萄牙人方叔摆等4人当处死，其余佛南波二者等51名当安置；现存通番奸徒当如律配遣。
朱纨平寇以后，闽浙沿海的百姓并没有过上安宁富足的好日子。恰恰相反，因为走私贸易不畅，他们的生计反而更加困难。《明史》记载：“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也。”而朱纨捣毁双屿港后，舟山的走私海商分裂成主张通商的互市派与铤而走险的寇掠派。互市派的汪直集团稍后逃至日本平户后，四年不再回国；而寇掠派的林碧川、萧显、徐海等集团则据舟山群岛为寇据地，四出流劫，终于蔓延成一场旷日持久的嘉靖倭患。
在嘉靖倭患中，汪直海商集团一直争取说服明朝政府开放海禁，与东洋、西洋诸国互市，准许自由贸易。但明朝政府假意答应汪直要求，笑里藏刀，用尽阴谋诡计，把汪直玩弄于股掌之间。与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。明朝政府对自己人穷凶极恶，对外夷宽宏大量。这种“宁与外夷，不与家奴”的窝里斗作风一直延续下来，至今犹有余波。
1567年，坚守海禁制度的嘉靖皇帝寿终正寝。新即位的隆庆皇帝立即批准漳州月港开放海禁，准许中国商民出海贸易。铁幕低垂的大明海疆终于从内部撕开了一道小小的裂缝，依稀透进来一线黎明的曙光。