三边总督魏学曾此时驻军花马池，闻变大惊，他一边上疏禀报朝廷，一边急命部将张云，郜庞带五千兵马，前往宁夏镇城劝降。
不过叛军只是紧闭城门，对劝降的人不于理睬。到二月二十三日，叛军又将不愿跟随刘东等人的游击梁琦、守备马承先杀死。接着刘东来到城墙，对张云、郜宠二人口出狂言，要朝廷许可他世守宁夏，否则他将联合河套的蒙古人，一起兵潼关。
张云，郜庞二人大怒，挥兵攻城。拜义子云，土文秀率两路大军从官军后面杀了过来，镇城内军马又顺势冲杀，官军死伤两千有余，余者溃散。
叛军更是声势大振，除留一部分兵马据守宁夏镇城外，余者分为数路，四面出击。
一路由承恩率领，南下攻打玉泉营，游击傅垣带兵坚守，千户陈继武乘傅垣不备，将他打昏，献了玉泉营，加入了叛军。接着承恩又率军攻打宁夏中卫、广武堡，守军参将熊国臣弃城逃跑，一时间承恩领的叛军气焰十分嚣张，很快横扫了河西四十七堡。
一路由土文秀率领，攻打平虏堡，不过在这里，叛军遇到了钉子。
在这里镇守的，是参将萧如薰，面对土文秀率领叛军的攻击，萧如薰率军坚守城池。
萧如薰的夫人杨氏是尚书杨兆的女儿，贤而有智，她激励夫君精忠报国。所以萧如薰更是安心。为帮助丈夫守城，杨氏变卖自己的饰，准备大量地酒和肉，亲自上城犒劳将士，又动员城里的男女老少都参与守城，拆房取砖。上城作战。她更亲自领了一只娘子军，助兵守城。
在平虏堡军民一心下，土文秀攻围数月，竟不能下。拜见平虏堡攻打不下，就转而攻打灵州城，同时派人送给蒙古顺义王力克不少金银财物，请他出兵助战。愿割花马池一带，听他驻牧。
力克是俺答汗之孙，被大明袭封为顺义王，但他却管不住自己的部下。包括他的孙儿卜失兔。力克有部属几十部，仅在河套，就有属下部落大小四十二支，他实际掌握的兵马不过两万人。
万历十九年时，他在河套的部下庄秃赖，卜失兔等部骚扰大明地甘凉洮岷等地，万历帝大怒，在十九年秋停止了对力克的赏赐与互市。二十年初时，河套的著力兔部。庄秃赖部等部又骚扰大明的山西镇，被黄来福所败，作为名义上的领，力克应该承担责任，这开市更是遥遥无期。
力克早己穷苦多时。在听了拜的请求后，不由动心，他与各部商议是否与大明决裂。三娘子所辖十二部反对与大明决裂，但力克之孙卜失兔力主进军中原，掠夺财富，他言此时大明边军内乱，草原部落正好趁虚而入，何乐而不为？还有火落赤，真相等部。早在去年时。便与大明开战，听闻卜失兔这样一说。更是同意援助拜，并极力怂恿各部，领兵助乱。
于是卜失兔先带一千部下，愿作前锋，进军韶刚堡，策应拜叛军。他领军来到韶刚堡，守将汪汝汉单骑出堡，连三箭，射死了卜失兔三员探路的斥候，卜失兔大惊，连忙止住大军，退回草原，不敢再进攻韶刚堡。
三月四日，三边总督魏学曾进驻下马关，他根据叛军动向，分兵两路。先飞檄命宁夏副总兵李权署总兵，统师进剿。自己亲率部分兵力进驻花马池，切断蒙古河套各部与叛军地联系。
李命游击吴显、赵武、张奇等人，领兵三千，援救灵州。自己率军沿黄河堵截，阻其叛军南渡。萧如薰也带着平虏守军从堡内杀出。不到十五日，官军逐渐收复了河西四十七堡，将叛军压逼至宁夏城一隅。这让叛军士气直线般地衰落下去。
二十五日，力克率领三千蒙古骑兵前来增援拜，叛军大喜，拜更是急令土文秀，许朝二人带兵接应，并将力克一行人请到了镇河演武场驻扎。
拜和刘东等人出了宁夏镇城来，更以部属之礼拜见力克，又搜罗镇城内的女子，犒劳力克领来的三千蒙古兵，一时间，宁夏镇城内外有如地狱般，到处是女子的哭泣。见拜和刘东如此，力克自然是非常欢喜，扬言己与拜等人成为一家。
有了蒙古人地援助，拜等人精神大振，当下与蒙古人合兵，分为两路。一路由义子云引力克等蒙古兵攻打平虏堡，一路由拜自己与土文秀攻打玉泉堡。
平虏堡参将萧如薰与夫人杨氏合议用计破之，由夫人杨氏带领全城百姓负责城守，又将三千兵马设伏于南关，自己带五百老弱前来迎战，又假装兵败，引诱蒙古人和叛军进入南关，然后伏兵四出，各类弩箭，火器四射。
伏击圈内还有各种的车辆，上面堆满了燃火物，火光冲天，地上又有不计其数的马刺，蒙古骑兵们自相踩踏，只能被动挨打。拜最勇猛的义子云，更是被当场射死。这时著力克还在后队，听了前面的情况，哪还敢战，也不和拜等人招呼，竟带着余下的蒙古兵远远的逃出塞外去了。
平虏堡的攻击失败。
而另一路，拜与土文秀攻打玉泉堡时，由于遭李率领的援军夹击，也是无功而返。正垂头丧气中，又听说著力克连招呼都不打，就带着自己地蒙古兵逃出塞外去了。
拜等人不由破口大骂，骂这些蒙古人阴险怯弱，不讲道德。不讲诚信，真真是靠不住。骂了半天没办法，众人只得垂头丧气地回到宁夏镇城。
形势不妙，拜招集叛军将领们商议，拜假意将责任都推到自己身上，众叛将感动。刘东言城内粮草众多。又有几万叛军，只要坚守城池，就会有奇迹出现，同时可以搜罗城内的金银珠宝，再请求河套的蒙古部落出兵。
许朝也是拔刀砍下桌角，言道有欲降者，便如此桌。当下众叛将歃血盟誓。同生共死。拜又派人带着大批地金银财物，鼓动蒙古各部落出兵。
由于平虏堡参将萧如薰孤城抗贼，名扬西北，万历皇帝得知后十分欢喜。特别给予丰厚的奖赏，擢升他为宁夏镇副总兵官。
到这时候，宁夏叛军外围尽去，三月三十日，李率六路大军完成对宁夏城地包围。
四月五日，叛军急开东、北二门，各出精骑2000出城搏战，另派步卒列火车为营，实施防御。官军起攻击。夺叛军火车百余辆，叛军淹死于城壕内无数。此时吊桥未及拉起，延绥副总兵王通带着一个亲兵，名叫高丁的好汉，趁机杀入北门。不过余者的榆林镇官兵不敢跟入，只有王通二人杀入城门。土文秀一箭射中王通额头，那亲兵高丁忙将王通救了出来，叛军也赶快拉起了吊桥。
眼见朝廷重兵云集，拜夫人施氏责备拜有福不享，非要弄险。承恩大怒将继母施氏一把推跌在地，恨恨而去。拜此时也是忧心忡忡，与许朝等人商议招安一事。
魏学曾正愁粮草不继，想要退军就食。又担心叛军突围出去。投奔蒙古人，那时就遗患无穷。遂将计就计。下令停止攻击。并经常以上司对下属的口气，行文斥责拜等人，拜见朝廷还以属部相待，更是放
几日后，土文秀，许朝二人出城商量受降条件。承恩、刘东见官军乏粮催饷，遂率精骑潜至汉延渠，夺得官军粮饷二百余车，阻断官军补给，叛军士气又燃烧起来。
四月二十一日，官军再次组织攻城。不过因拜挟持庆王及随府穆来辅等官员，坚守宁夏镇城，连着攻城一月有余，毫无建树。此时拜又请求于著力克，著力克又组织蒙古各部，袭扰宁夏镇边境，大大增加了平叛地难度，明军难以应付，魏学曾在往灵州途中被贼围剿，幸救而得免。
魏学曾久攻不下，于是向万历帝请求以招安为主，平息战乱。万历帝大怒，特旨擢升萧如薰为宁夏镇总兵官，统一指挥延绥、甘肃、固原诸路征剿大军。又调猛将麻贵为副总兵，带兵前往助战。并赐魏学曾尚方宝剑，有畏敌避战者先斩后奏，并授旨他：“杀知府以下将官不用命者，不必上请”。
猛将兄麻贵到了宁夏，与萧如薰几番组织大军攻城，都未能得手。五月二十九日夜，萧如薰、麻贵乘风纵火，架云梯攻城。叛军以滚木垒石还击，官军死伤千数。魏学曾见强攻不克，遂采用离间计，企图从内部突破，未果。
此时万历帝已对魏学曾不满：“堂堂天朝因么么小丑遣兵累月而未奏荡平，岂不辱国？”
朝中也多有纷议，认为魏学曾乏应变之才，无力剿平祸乱。浙江道御史梅国桢上奏万历帝道：“麻贵虽勇却不敌李如松，恳请起用如松，定可收到奇功。”
顾秉谦密奏道：“李成梁父子久镇边关，飞扬拔扈，不受方镇节制。切勿前门拒狼，后门迎虎。”
万历帝有些犹豫不决，朝议有人认为李成梁父子兵权过重，李成梁不宜再握兵权。科臣王德完认为梅国桢举荐失当，存有私心梅国桢为表心迹，自荐愿同李如松前往宁夏平叛，并上疏道：“李氏父子当防之于辽东握兵之时，而不当防之于废弃离任之后。”
又表明自己的心迹，道：“臣自外吏入厕台班，虽怀狗马之心，未效涓埃之报。若疑徒市私恩，不顾国计，愿与成梁驰赴宁夏，同心讨贼，不必加以别衔，假以重任。”
此次上疏，梅如愿以偿，得到万历帝许可：“奉圣旨，梅国桢就着同李如松前去监军，并纪录功次。”
当时李如松为宣府总兵，由于军情紧急，万历帝急令他为提督陕西讨逆军务总兵官，并抽选辽东镇，宣府镇，大同镇，山西镇各路人马约三万人，由李如松统领，一起前往宁夏镇平叛。李如松也是大明朝中后期唯一一个由武臣担任提督者。
接到圣旨后，李如松如雨般地出公文，要各路人马，远的来宣府集中，近的原地待命，又任命自己兄弟李如柏为先锋官，李如樟督运粮草，先期开赴前线。
与此同时，甘肃巡抚叶梦熊也主动请缨，愿意协助魏学曾平叛，他可出神炮火器战车四百辆，苗兵三千，自备粮饷前往宁镇平乱，皇帝壮其志，命其前往助战。浙江巡抚常居敬也主动请缨，愿自选一千精兵前往，也得到朝廷的嘉许。由于山西镇也在出兵之列，而山西镇最能打地就是副总兵黄来福麾下地人马了，很快，黄来福接到兵部地公文，要他出兵两千，随同李如松一起出战。
这可是个宣扬五寨堡地好机会，当下黄来福管辖的五寨堡和老营堡，都是紧急动员起来。
不过叛军只是紧闭城门，对劝降的人不于理睬。到二月二十三日，叛军又将不愿跟随刘东等人的游击梁琦、守备马承先杀死。接着刘东来到城墙，对张云、郜宠二人口出狂言，要朝廷许可他世守宁夏，否则他将联合河套的蒙古人，一起兵潼关。
张云，郜庞二人大怒，挥兵攻城。拜义子云，土文秀率两路大军从官军后面杀了过来，镇城内军马又顺势冲杀，官军死伤两千有余，余者溃散。
叛军更是声势大振，除留一部分兵马据守宁夏镇城外，余者分为数路，四面出击。
一路由承恩率领，南下攻打玉泉营，游击傅垣带兵坚守，千户陈继武乘傅垣不备，将他打昏，献了玉泉营，加入了叛军。接着承恩又率军攻打宁夏中卫、广武堡，守军参将熊国臣弃城逃跑，一时间承恩领的叛军气焰十分嚣张，很快横扫了河西四十七堡。
一路由土文秀率领，攻打平虏堡，不过在这里，叛军遇到了钉子。
在这里镇守的，是参将萧如薰，面对土文秀率领叛军的攻击，萧如薰率军坚守城池。
萧如薰的夫人杨氏是尚书杨兆的女儿，贤而有智，她激励夫君精忠报国。所以萧如薰更是安心。为帮助丈夫守城，杨氏变卖自己的饰，准备大量地酒和肉，亲自上城犒劳将士，又动员城里的男女老少都参与守城，拆房取砖。上城作战。她更亲自领了一只娘子军，助兵守城。
在平虏堡军民一心下，土文秀攻围数月，竟不能下。拜见平虏堡攻打不下，就转而攻打灵州城，同时派人送给蒙古顺义王力克不少金银财物，请他出兵助战。愿割花马池一带，听他驻牧。
力克是俺答汗之孙，被大明袭封为顺义王，但他却管不住自己的部下。包括他的孙儿卜失兔。力克有部属几十部，仅在河套，就有属下部落大小四十二支，他实际掌握的兵马不过两万人。
万历十九年时，他在河套的部下庄秃赖，卜失兔等部骚扰大明地甘凉洮岷等地，万历帝大怒，在十九年秋停止了对力克的赏赐与互市。二十年初时，河套的著力兔部。庄秃赖部等部又骚扰大明的山西镇，被黄来福所败，作为名义上的领，力克应该承担责任，这开市更是遥遥无期。
力克早己穷苦多时。在听了拜的请求后，不由动心，他与各部商议是否与大明决裂。三娘子所辖十二部反对与大明决裂，但力克之孙卜失兔力主进军中原，掠夺财富，他言此时大明边军内乱，草原部落正好趁虚而入，何乐而不为？还有火落赤，真相等部。早在去年时。便与大明开战，听闻卜失兔这样一说。更是同意援助拜，并极力怂恿各部，领兵助乱。
于是卜失兔先带一千部下，愿作前锋，进军韶刚堡，策应拜叛军。他领军来到韶刚堡，守将汪汝汉单骑出堡，连三箭，射死了卜失兔三员探路的斥候，卜失兔大惊，连忙止住大军，退回草原，不敢再进攻韶刚堡。
三月四日，三边总督魏学曾进驻下马关，他根据叛军动向，分兵两路。先飞檄命宁夏副总兵李权署总兵，统师进剿。自己亲率部分兵力进驻花马池，切断蒙古河套各部与叛军地联系。
李命游击吴显、赵武、张奇等人，领兵三千，援救灵州。自己率军沿黄河堵截，阻其叛军南渡。萧如薰也带着平虏守军从堡内杀出。不到十五日，官军逐渐收复了河西四十七堡，将叛军压逼至宁夏城一隅。这让叛军士气直线般地衰落下去。
二十五日，力克率领三千蒙古骑兵前来增援拜，叛军大喜，拜更是急令土文秀，许朝二人带兵接应，并将力克一行人请到了镇河演武场驻扎。
拜和刘东等人出了宁夏镇城来，更以部属之礼拜见力克，又搜罗镇城内的女子，犒劳力克领来的三千蒙古兵，一时间，宁夏镇城内外有如地狱般，到处是女子的哭泣。见拜和刘东如此，力克自然是非常欢喜，扬言己与拜等人成为一家。
有了蒙古人地援助，拜等人精神大振，当下与蒙古人合兵，分为两路。一路由义子云引力克等蒙古兵攻打平虏堡，一路由拜自己与土文秀攻打玉泉堡。
平虏堡参将萧如薰与夫人杨氏合议用计破之，由夫人杨氏带领全城百姓负责城守，又将三千兵马设伏于南关，自己带五百老弱前来迎战，又假装兵败，引诱蒙古人和叛军进入南关，然后伏兵四出，各类弩箭，火器四射。
伏击圈内还有各种的车辆，上面堆满了燃火物，火光冲天，地上又有不计其数的马刺，蒙古骑兵们自相踩踏，只能被动挨打。拜最勇猛的义子云，更是被当场射死。这时著力克还在后队，听了前面的情况，哪还敢战，也不和拜等人招呼，竟带着余下的蒙古兵远远的逃出塞外去了。
平虏堡的攻击失败。
而另一路，拜与土文秀攻打玉泉堡时，由于遭李率领的援军夹击，也是无功而返。正垂头丧气中，又听说著力克连招呼都不打，就带着自己地蒙古兵逃出塞外去了。
拜等人不由破口大骂，骂这些蒙古人阴险怯弱，不讲道德。不讲诚信，真真是靠不住。骂了半天没办法，众人只得垂头丧气地回到宁夏镇城。
形势不妙，拜招集叛军将领们商议，拜假意将责任都推到自己身上，众叛将感动。刘东言城内粮草众多。又有几万叛军，只要坚守城池，就会有奇迹出现，同时可以搜罗城内的金银珠宝，再请求河套的蒙古部落出兵。
许朝也是拔刀砍下桌角，言道有欲降者，便如此桌。当下众叛将歃血盟誓。同生共死。拜又派人带着大批地金银财物，鼓动蒙古各部落出兵。
由于平虏堡参将萧如薰孤城抗贼，名扬西北，万历皇帝得知后十分欢喜。特别给予丰厚的奖赏，擢升他为宁夏镇副总兵官。
到这时候，宁夏叛军外围尽去，三月三十日，李率六路大军完成对宁夏城地包围。
四月五日，叛军急开东、北二门，各出精骑2000出城搏战，另派步卒列火车为营，实施防御。官军起攻击。夺叛军火车百余辆，叛军淹死于城壕内无数。此时吊桥未及拉起，延绥副总兵王通带着一个亲兵，名叫高丁的好汉，趁机杀入北门。不过余者的榆林镇官兵不敢跟入，只有王通二人杀入城门。土文秀一箭射中王通额头，那亲兵高丁忙将王通救了出来，叛军也赶快拉起了吊桥。
眼见朝廷重兵云集，拜夫人施氏责备拜有福不享，非要弄险。承恩大怒将继母施氏一把推跌在地，恨恨而去。拜此时也是忧心忡忡，与许朝等人商议招安一事。
魏学曾正愁粮草不继，想要退军就食。又担心叛军突围出去。投奔蒙古人，那时就遗患无穷。遂将计就计。下令停止攻击。并经常以上司对下属的口气，行文斥责拜等人，拜见朝廷还以属部相待，更是放
几日后，土文秀，许朝二人出城商量受降条件。承恩、刘东见官军乏粮催饷，遂率精骑潜至汉延渠，夺得官军粮饷二百余车，阻断官军补给，叛军士气又燃烧起来。
四月二十一日，官军再次组织攻城。不过因拜挟持庆王及随府穆来辅等官员，坚守宁夏镇城，连着攻城一月有余，毫无建树。此时拜又请求于著力克，著力克又组织蒙古各部，袭扰宁夏镇边境，大大增加了平叛地难度，明军难以应付，魏学曾在往灵州途中被贼围剿，幸救而得免。
魏学曾久攻不下，于是向万历帝请求以招安为主，平息战乱。万历帝大怒，特旨擢升萧如薰为宁夏镇总兵官，统一指挥延绥、甘肃、固原诸路征剿大军。又调猛将麻贵为副总兵，带兵前往助战。并赐魏学曾尚方宝剑，有畏敌避战者先斩后奏，并授旨他：“杀知府以下将官不用命者，不必上请”。
猛将兄麻贵到了宁夏，与萧如薰几番组织大军攻城，都未能得手。五月二十九日夜，萧如薰、麻贵乘风纵火，架云梯攻城。叛军以滚木垒石还击，官军死伤千数。魏学曾见强攻不克，遂采用离间计，企图从内部突破，未果。
此时万历帝已对魏学曾不满：“堂堂天朝因么么小丑遣兵累月而未奏荡平，岂不辱国？”
朝中也多有纷议，认为魏学曾乏应变之才，无力剿平祸乱。浙江道御史梅国桢上奏万历帝道：“麻贵虽勇却不敌李如松，恳请起用如松，定可收到奇功。”
顾秉谦密奏道：“李成梁父子久镇边关，飞扬拔扈，不受方镇节制。切勿前门拒狼，后门迎虎。”
万历帝有些犹豫不决，朝议有人认为李成梁父子兵权过重，李成梁不宜再握兵权。科臣王德完认为梅国桢举荐失当，存有私心梅国桢为表心迹，自荐愿同李如松前往宁夏平叛，并上疏道：“李氏父子当防之于辽东握兵之时，而不当防之于废弃离任之后。”
又表明自己的心迹，道：“臣自外吏入厕台班，虽怀狗马之心，未效涓埃之报。若疑徒市私恩，不顾国计，愿与成梁驰赴宁夏，同心讨贼，不必加以别衔，假以重任。”
此次上疏，梅如愿以偿，得到万历帝许可：“奉圣旨，梅国桢就着同李如松前去监军，并纪录功次。”
当时李如松为宣府总兵，由于军情紧急，万历帝急令他为提督陕西讨逆军务总兵官，并抽选辽东镇，宣府镇，大同镇，山西镇各路人马约三万人，由李如松统领，一起前往宁夏镇平叛。李如松也是大明朝中后期唯一一个由武臣担任提督者。
接到圣旨后，李如松如雨般地出公文，要各路人马，远的来宣府集中，近的原地待命，又任命自己兄弟李如柏为先锋官，李如樟督运粮草，先期开赴前线。
与此同时，甘肃巡抚叶梦熊也主动请缨，愿意协助魏学曾平叛，他可出神炮火器战车四百辆，苗兵三千，自备粮饷前往宁镇平乱，皇帝壮其志，命其前往助战。浙江巡抚常居敬也主动请缨，愿自选一千精兵前往，也得到朝廷的嘉许。由于山西镇也在出兵之列，而山西镇最能打地就是副总兵黄来福麾下地人马了，很快，黄来福接到兵部地公文，要他出兵两千，随同李如松一起出战。
这可是个宣扬五寨堡地好机会，当下黄来福管辖的五寨堡和老营堡，都是紧急动员起来。