会议开完后，马铖带上自己的五千神机营，离开正阳门去自己的指挥部。
这个指挥部的挑选可耗费了马铖不少精力，这个地点要四通八达地处交通要道，还要距离和正阳门、聚宝门主战场不远不近。马铖在辇图上选了半天，终于挑选了应天府衙当这个指挥部。
应天府衙在后世南京府西街和中华路的交汇处，这里正好地处中城，和聚宝门、三山门、通济门、正阳门都有主干道联通，同时这里距离聚宝门五里路，距离正阳门六里路，完全可以保证出现问题时增援部队可以在半个时辰内赶到。
同时应天府对面就是承恩寺，这个由明宣宗时期的大太监王瑾建成的寺庙，占地数百亩，里面空地很多正好可以当成驻军之所。
马铖带着军队来到应天府门前，守门的衙役看到这么多军队来了，吓的赶紧进去禀报知府吴家周知晓。吴家周是天启五年三甲进士，党附东林才当上应天府知府，现在东林党倒台了正在六神无主，听马士英的儿子马铖来了，赶紧出来亲自迎接。
要知道应天是首都，应天府知府是从三品，和侍郎、布政使等高官同级，现在出来迎接马铖这么一个武将，吴家周真是丢了士大夫的脸。
“马大人，下官吴家周，恭迎马大人大驾光临！”吴家周满脸媚笑，深施一躬后看着马铖。
马铖骑在高头大马上撇着嘴点了点头：“吴知府，本督奉皇帝陛下的圣旨负责抵御北虏，你的应天府地理位置重要，所以本督决定在这建立本督的衙门，你可同意？”
吴家周听马铖这么说心中大骂：你不是自己有衙门吗？跑城里强占我的衙门干什么？
不过现在东林党已经树倒猢狲散，吴家周可不敢得罪马士英的儿子，没办法只好苦笑道：“马大人既然有旨意，下官自然全力配合！”
马铖听吴家周这么说笑道：“好，不过你这里地方不够大，烦劳知府大人派出衙役沟通承恩寺，让本督的士兵进驻！”
吴家周没办法只好叫来都头，让他带领马铖的士兵去对面的承恩寺。
马铖安排顾长卫带着四千人去承恩寺，许大虎带着一千人进驻应天府衙。吴家周看到这么多人要进驻，赶紧说道：“大人，这些士兵能不能都去承恩寺，本衙实在没有这么多空房间啊！”
马铖一瞪眼睛骂道：“怎么？没空房间就让你们的衙役书办滚蛋，本督的士兵有一个没地方安置就拿你是问！”
马铖说完不管吴家周，带着亲兵迈步进了应天府衙。马铖手下的士兵则各个如狼似虎，将应天府中的衙役、书办、师爷统统撵了出来。
应天府的同知看马铖闹的不像样子，站出来想要斥责马铖不懂规模，那知道马铖管你那些，让士兵连抽这家伙十个大嘴巴，打的后槽牙都掉了两个。
看到这帮丘八如此蛮横，府衙众人不敢
迟疑，只好带着自己的细软逃出府衙。
吴家周看这个样子叹了口气，反正现在兵荒马乱的，吴家周只好给那些衙役放假。
马铖看吴家周要给衙役放假，赶紧拦住说道：“正好城外徐沾处需要人手，你们这帮废物都去帮忙！”
徐沾是溧水县令，归应天府管理，现在让上官去给下级当帮手，大家一个个都十分不满。
但是不满你能怎么地？人家马铖有枪杆子，没办法吴家周只好将十几个有品级的官员留下，剩下的一百多个吏员都派出去归徐沾管理。
南京城里寸土寸金，应天府衙原本就不大，马铖的一千士兵在加上五百亲兵进来后马上拥挤不堪，就连大堂、二堂等重要地方都搭起了铺盖。
马铖带着几个将领往后走，来到三堂，这里已经是属于知府的私人空间，再往后就是内宅了。马铖看了看这个三堂环境不错，院子里种了几棵树木，环境很是僻静。
马铖点点头说道：“好，这里就是本督的指挥部，朱同，你安排一下，让各司进驻。”
中军官朱同听马铖这么说赶紧接令，出去开始安排提督衙门直属各司进入，马铖官职相当于后世的大军区司令，他的直属官也有一百多人，什么中军官、旗牌官、督粮官，还有军情司、武库司、粮运司等等下属机构，在加上没品级的书办、大使、护军，一共三百多人挤进了这个小小的三堂。
吴家周看到自己收藏的字画书籍都被这帮不通文墨的丘八丢在一旁，没办法只好叹了口气回到自己后宅。
马铖算正式在知府衙门开始办公，各条命令有条不紊的从这里传递出去，传达到城内各处的大小武官手中。
马铖在紧锣密鼓的准备防守，事态却越来越恶化。从二十七日开始，从江北陆陆续续逃难过来的人越来越多，他们传来的消息也光怪陆离，有说满清大军已经过了江的，有说满清大军将扬州城屠杀一空的。虽然各种消息不一定准确，但有一个事实是正确的，那就是满清大军就在眼前，并且正在准备渡江。
随着逃难的人增多，南京城里各种谣言也开始多了起来，在五月初一城里开始有人散布谣言，说清军的军舰就在江中，并且发炮攻打城墙，靠江的仪凤门已经被轰塌。这个传言让南京城里在次掀起了逃难潮，马铖一开始还派兵弹压，最后没办法只好杀了十几个闹事之人，才将城内的谣言将将压制。
虽然将谣言压制，但是马铖也知道清军渡江迫在眉睫，只是马铖还拿不准清军会选定那个地方渡江。而这时满朝文武除了马铖，还对长江天险抱有希望。虽然江北四镇投降，但是明军的水师可是半点没有损失，在长江上还有郑鸿奎带领的上百艘战船严阵以待。
可是让朱由崧君臣大跌眼镜的是，号称水战无敌的郑鸿奎，在一天之内就被清军打败，郑鸿奎带着剩下的残部从长江
出海，逃回福建去了。
在五月初五端午节这天，清军终于来到长江北岸。五月初九豫亲王多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部，于黎明时分在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败明江防水师郑鸿逵军，随即登上南岸，占领镇江，后续满、汉官兵二十多万先后渡江。
到这时候南京城里都知道大势已去，五月初十这晚，朱由崧像往常一样在宫里听了半夜的戏，然后用密旨召马士英进宫。
马士英不知道这个时候皇帝找自己干什么，赶紧匆匆进宫，进入乾清宫就发现皇帝朱由崧已经换上一身青衣小帽，连身边的心腹太监尤二也已经换上普通人的衣装。
马士英一看就知道这个皇帝想要逃跑，马士英赶紧跪下劝说道：“陛下，现在城中还有十万健儿，未尝不可一战啊！”
朱由崧一边在太监的帮助下穿衣服，一边说道：“马爱卿，朕感谢你的从龙之功，但是现在南都城里这个样子你以为还能坚守吗？”
“陛下，但是出去能去哪呢？现在北虏已经渡江，南直隶马上就是一片火海！”马士英还准备在劝说几句，但是那知道人家朱由崧早已经安排好退路了。
“马爱卿，朕要去太平府，黄得功是忠义之辈，他还有数万人马，必定能护着朕南巡！马爱卿，你也回家准备一下和朕一同走吧！”
该说不说，朱由崧对马士英还不错，知道逃跑的时候带上他。马士英听朱由崧这么说也心动不已，事实摆在这里，留在南都这里要不投降要不就是死路一条。
朱由崧不管马士英心中怎么想的，反正他自己是要逃跑的。在太监为他穿好衣服后，跟着尤二出了乾清宫，会和太后邹氏，在四五十个健壮宦官的护送下，出了皇城，经过金川门出了城，趁着夜色往太平府方向逃去。
皇帝都跑了马士英能怎么办？看到皇帝离开后马士英只好起身出了宫，回到家中也开始准备跑路。
马士英为了今天早有准备，当年从贵州调来亲信的贵州兵就是为了今天。马士英回到府中马上将门口的百户丁谓找来，让他给马铖送信，将所有贵州兵集结到府门前等候命令。
丁谓早已经得了马铖的命令，府中有什么异动都要禀报，现在府中人心惶惶，同时很多家人都在收拾细软，这个马老爷想干什么自然不用想了。
丁谓将守门的任务交给副手，然后亲自骑马去应天府衙禀报马铖。
这几天马铖为了守城之事很是劳累，今晚上刚睡着，就得知丁谓来了。他来肯定有大事，马铖这时睡意也没了，亲自接见了丁谓。
等丁谓将马士英的命令和马府的异动说了一遍后，马铖知道皇帝肯定跑了，现在自己老子也要跑路。想到自己谋划已久的事情就要发生，马铖精神大振，站起来叫道：“好，从今天开始就看老子的了！”
这个指挥部的挑选可耗费了马铖不少精力，这个地点要四通八达地处交通要道，还要距离和正阳门、聚宝门主战场不远不近。马铖在辇图上选了半天，终于挑选了应天府衙当这个指挥部。
应天府衙在后世南京府西街和中华路的交汇处，这里正好地处中城，和聚宝门、三山门、通济门、正阳门都有主干道联通，同时这里距离聚宝门五里路，距离正阳门六里路，完全可以保证出现问题时增援部队可以在半个时辰内赶到。
同时应天府对面就是承恩寺，这个由明宣宗时期的大太监王瑾建成的寺庙，占地数百亩，里面空地很多正好可以当成驻军之所。
马铖带着军队来到应天府门前，守门的衙役看到这么多军队来了，吓的赶紧进去禀报知府吴家周知晓。吴家周是天启五年三甲进士，党附东林才当上应天府知府，现在东林党倒台了正在六神无主，听马士英的儿子马铖来了，赶紧出来亲自迎接。
要知道应天是首都，应天府知府是从三品，和侍郎、布政使等高官同级，现在出来迎接马铖这么一个武将，吴家周真是丢了士大夫的脸。
“马大人，下官吴家周，恭迎马大人大驾光临！”吴家周满脸媚笑，深施一躬后看着马铖。
马铖骑在高头大马上撇着嘴点了点头：“吴知府，本督奉皇帝陛下的圣旨负责抵御北虏，你的应天府地理位置重要，所以本督决定在这建立本督的衙门，你可同意？”
吴家周听马铖这么说心中大骂：你不是自己有衙门吗？跑城里强占我的衙门干什么？
不过现在东林党已经树倒猢狲散，吴家周可不敢得罪马士英的儿子，没办法只好苦笑道：“马大人既然有旨意，下官自然全力配合！”
马铖听吴家周这么说笑道：“好，不过你这里地方不够大，烦劳知府大人派出衙役沟通承恩寺，让本督的士兵进驻！”
吴家周没办法只好叫来都头，让他带领马铖的士兵去对面的承恩寺。
马铖安排顾长卫带着四千人去承恩寺，许大虎带着一千人进驻应天府衙。吴家周看到这么多人要进驻，赶紧说道：“大人，这些士兵能不能都去承恩寺，本衙实在没有这么多空房间啊！”
马铖一瞪眼睛骂道：“怎么？没空房间就让你们的衙役书办滚蛋，本督的士兵有一个没地方安置就拿你是问！”
马铖说完不管吴家周，带着亲兵迈步进了应天府衙。马铖手下的士兵则各个如狼似虎，将应天府中的衙役、书办、师爷统统撵了出来。
应天府的同知看马铖闹的不像样子，站出来想要斥责马铖不懂规模，那知道马铖管你那些，让士兵连抽这家伙十个大嘴巴，打的后槽牙都掉了两个。
看到这帮丘八如此蛮横，府衙众人不敢
迟疑，只好带着自己的细软逃出府衙。
吴家周看这个样子叹了口气，反正现在兵荒马乱的，吴家周只好给那些衙役放假。
马铖看吴家周要给衙役放假，赶紧拦住说道：“正好城外徐沾处需要人手，你们这帮废物都去帮忙！”
徐沾是溧水县令，归应天府管理，现在让上官去给下级当帮手，大家一个个都十分不满。
但是不满你能怎么地？人家马铖有枪杆子，没办法吴家周只好将十几个有品级的官员留下，剩下的一百多个吏员都派出去归徐沾管理。
南京城里寸土寸金，应天府衙原本就不大，马铖的一千士兵在加上五百亲兵进来后马上拥挤不堪，就连大堂、二堂等重要地方都搭起了铺盖。
马铖带着几个将领往后走，来到三堂，这里已经是属于知府的私人空间，再往后就是内宅了。马铖看了看这个三堂环境不错，院子里种了几棵树木，环境很是僻静。
马铖点点头说道：“好，这里就是本督的指挥部，朱同，你安排一下，让各司进驻。”
中军官朱同听马铖这么说赶紧接令，出去开始安排提督衙门直属各司进入，马铖官职相当于后世的大军区司令，他的直属官也有一百多人，什么中军官、旗牌官、督粮官，还有军情司、武库司、粮运司等等下属机构，在加上没品级的书办、大使、护军，一共三百多人挤进了这个小小的三堂。
吴家周看到自己收藏的字画书籍都被这帮不通文墨的丘八丢在一旁，没办法只好叹了口气回到自己后宅。
马铖算正式在知府衙门开始办公，各条命令有条不紊的从这里传递出去，传达到城内各处的大小武官手中。
马铖在紧锣密鼓的准备防守，事态却越来越恶化。从二十七日开始，从江北陆陆续续逃难过来的人越来越多，他们传来的消息也光怪陆离，有说满清大军已经过了江的，有说满清大军将扬州城屠杀一空的。虽然各种消息不一定准确，但有一个事实是正确的，那就是满清大军就在眼前，并且正在准备渡江。
随着逃难的人增多，南京城里各种谣言也开始多了起来，在五月初一城里开始有人散布谣言，说清军的军舰就在江中，并且发炮攻打城墙，靠江的仪凤门已经被轰塌。这个传言让南京城里在次掀起了逃难潮，马铖一开始还派兵弹压，最后没办法只好杀了十几个闹事之人，才将城内的谣言将将压制。
虽然将谣言压制，但是马铖也知道清军渡江迫在眉睫，只是马铖还拿不准清军会选定那个地方渡江。而这时满朝文武除了马铖，还对长江天险抱有希望。虽然江北四镇投降，但是明军的水师可是半点没有损失，在长江上还有郑鸿奎带领的上百艘战船严阵以待。
可是让朱由崧君臣大跌眼镜的是，号称水战无敌的郑鸿奎，在一天之内就被清军打败，郑鸿奎带着剩下的残部从长江
出海，逃回福建去了。
在五月初五端午节这天，清军终于来到长江北岸。五月初九豫亲王多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部，于黎明时分在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败明江防水师郑鸿逵军，随即登上南岸，占领镇江，后续满、汉官兵二十多万先后渡江。
到这时候南京城里都知道大势已去，五月初十这晚，朱由崧像往常一样在宫里听了半夜的戏，然后用密旨召马士英进宫。
马士英不知道这个时候皇帝找自己干什么，赶紧匆匆进宫，进入乾清宫就发现皇帝朱由崧已经换上一身青衣小帽，连身边的心腹太监尤二也已经换上普通人的衣装。
马士英一看就知道这个皇帝想要逃跑，马士英赶紧跪下劝说道：“陛下，现在城中还有十万健儿，未尝不可一战啊！”
朱由崧一边在太监的帮助下穿衣服，一边说道：“马爱卿，朕感谢你的从龙之功，但是现在南都城里这个样子你以为还能坚守吗？”
“陛下，但是出去能去哪呢？现在北虏已经渡江，南直隶马上就是一片火海！”马士英还准备在劝说几句，但是那知道人家朱由崧早已经安排好退路了。
“马爱卿，朕要去太平府，黄得功是忠义之辈，他还有数万人马，必定能护着朕南巡！马爱卿，你也回家准备一下和朕一同走吧！”
该说不说，朱由崧对马士英还不错，知道逃跑的时候带上他。马士英听朱由崧这么说也心动不已，事实摆在这里，留在南都这里要不投降要不就是死路一条。
朱由崧不管马士英心中怎么想的，反正他自己是要逃跑的。在太监为他穿好衣服后，跟着尤二出了乾清宫，会和太后邹氏，在四五十个健壮宦官的护送下，出了皇城，经过金川门出了城，趁着夜色往太平府方向逃去。
皇帝都跑了马士英能怎么办？看到皇帝离开后马士英只好起身出了宫，回到家中也开始准备跑路。
马士英为了今天早有准备，当年从贵州调来亲信的贵州兵就是为了今天。马士英回到府中马上将门口的百户丁谓找来，让他给马铖送信，将所有贵州兵集结到府门前等候命令。
丁谓早已经得了马铖的命令，府中有什么异动都要禀报，现在府中人心惶惶，同时很多家人都在收拾细软，这个马老爷想干什么自然不用想了。
丁谓将守门的任务交给副手，然后亲自骑马去应天府衙禀报马铖。
这几天马铖为了守城之事很是劳累，今晚上刚睡着，就得知丁谓来了。他来肯定有大事，马铖这时睡意也没了，亲自接见了丁谓。
等丁谓将马士英的命令和马府的异动说了一遍后，马铖知道皇帝肯定跑了，现在自己老子也要跑路。想到自己谋划已久的事情就要发生，马铖精神大振，站起来叫道：“好，从今天开始就看老子的了！”